Apabila Perang Dunia II meletus dalam tahun 1939, Murray-Lyon kembali ke India dan dalam tahun 1940 dia diberikan perintah Briged Zhob, sebuah formasi tempatan. Dalam bulan Oktober, Murray-Lyon dilantik menjadi Panglima Divisyen ke-11 India.

Malaya

Apabila Jepun membuat serangan ke atas Pearl Harbor pad a7 Disember 1941, pasukan pendaratan mereka yang ditugaskan menakluk Semenanjung tanah Melayu dan Singapura sudah berada hampir dengan Songkhla, Pattani dan Kota Bharu. Divisyen ke-11 India ditugaskan di bahagian utara Semenanjung Tanah Melayu dan diberikan tanggungjawab khas mempertahankan sempadan dengan Thailand.

Tentera British menjangkakan serangan 3 penjuru dari Songkhla, Pattani dan Kota Bharu tetapi tidak menjangka ketangkasan askar Jepun dan Tentera British kurang bersedia untuk peperangan tropika dan tidak menyediakan pertahanan yang mencukupi. Divisyen ke-11 India sendiri nampak bagus di atas kertas, tetapi pada hakikatnya hanya mempunyai dua batalion regular askar British (satu batalion masing-masing dari The Leicestershire Regiment dan East Surrey Regiment) dan dilengkapkan dengan 3 batalion askar Gurkha dan 4 batalion Tentera India yang baru ditubuhkan (dan belum tamat latihan operasi). Salah satu daripada batalion Gurkha terdiri daripada askar-askar remaja yang baru tiba di Tanah Melayu. Tentera British tidak mempunyai kereta kebal dan kekurangan pesawat udara tempur. Dengan kepincangan ini, Murray-Lyon berhadapan dengan serangan oleh 3 Divisyen askar Jepun yang cukup kelengkapan dan cukup terlatih dan dibantu oleh kereta kebal dan pesawat udara.

Pasukan Jepun menyerang kedudukan yang dipertahankan oleh Divisyen ke-11 India dengan pantas dan secara mengejut, dengan dibantu oleh kereta kebal dan pesawat pengebom. Askar infantry menyerang berduyun-duyun dan sentiasa dapat merusuki (outflank) kedudukan 11 Divisyen . Akibatnya Murray-Lyon terpaksa mengarahakan pasukannya berundur.

Malang sekali bagi Murray-Lyon, kepincangan pertahanan Semenanjung Tanah Melayu tertonjol dan pasukannya tewas dalam setiap pertempuran dengan Tentera Jepun. Selepas 11 F\Divisyen tewas Pertempuran di Slim River, Murray-Lyon dipecat menjadi Panglima 11 Divisyen oleh Percival.

Murray-Lyon was menjadi tawanan perang di Singapura dan dipindahkan ke Formaosa dan Manchuria sehingga tamat perang. Selepas Perang Dunia II, murray-Lyon pulang untuk menetap di India.